Lo primero, la causa: Evidentemente, es un fallo de la actualización.
Se causa cuando se descarga de modo erróneo, y el sistema de igual forma lo instala.
Suele ocurrir con mucha frecuencia cuando el Sistema actualiza y tenemos un cliente p2p por ejemplo.
Solución: Borrar la actualización conflictiva. Reinstalar Windows Update para segurarnos que la causa no es del programa.
Configuración de la Actualizaciones : Etapa 3 de 3 ,0% Completado” es para muchos el mensaje de la muerte. Si este, se te repite dos veces, puedes dar tu Pc por clínicamente en coma, ya que entra en un bucle de reinicio…
O simplemente, un código de error al actualizar, esto arregla ambas cosas.
La Causa y la Solución
METODO 1: MSDOS
Sólo recomiendo utilizar esta en caso de que no haya manera por ninguna de las dos siguientes.
Camino simple:
Iniciamos el PC en modo prueba de errores (F8, según placa base), pero sin arrancar el sistema, es decir, sin seleccionar “Iniciar en modo prueba de errores”.
Elegimos “Opciones de recuperación del sistema” y después “Símbolo del sistema“, y pasamos a las instrucciones.
Camino un poco mas complejo:
Si no hay mas remedio, iniciamos el PC, y cuando esté en la pantalla de carga, la de la barrita verde, mantenemos el botón de encendido de la CPU pulsada, con lo cual, se apaga el PC.
Con esto conseguimos que Windows “cierre de forma inesperada” como diría él, y, al iniciar el PC, aparecen varias opciones, entre ellas “Reparar inicio de Windows” o “Windows Startup Repair“. Seleccionamos la que nos salga, y cancelamos el análisis que va a hacer de los datos del disco (No sirve para nada).
Una vez hemos saltado este paso, aparece la opción “Mostrar opciones para reparación avanzada“, una vez ahí y tras entrar como Administrador (importante esto, por los permisos, nos sirve nuestro usuario también si los tiene), damos con la ventanita de MSDOS, y pasamos a Instrucciones.
Instrucciones:
Escribimos en dicha pantalla “cd C:\Windows\winsxs” Donde “C:\” es la letra del disco duro que contenga el sistema operativo.
Una vez ahí, hay dos opciones:
Escribir “ren pending.xml pending2.xml” con cual, renombra el archivo a “Pending2.xml”, y debemos borrar dicho archivo luego si esto funciona…
O escribir: “rm pending.xml” y con esto borra el archivo directamente, qu vuelve a ser generado.
Luego, escribimos “exit“, y reiniciamos.

No quiero verte mas hasta el SP2, hermoso
¿Sigue saliendo?
Una vez reiniciado el equipo tras estos cambios, no debería salir mas.
Si aún sale, repetimos el proceso, pero al reiniciar, entramos en Modo Seguro y vamos a la carpeta “C:\Windows\SoftwareDistribution\Download” y borramos los archivos que contenga. Tal y como la otra solución, quizá tengamos que reinstalar Windows Update en este caso, pero nada mas.
Si no podemos acceder a Modo Seguro sin que vuelva a salir el bucle, podemos usar el MSDOS del mismo modo que expliqué en Instrucciones, pero escribiendo “cd C:\Windows\SoftwareDistribution” y despues “rm Download“
METODO 2.
Si actualizamos Vista después, debería incluir este parche para que no ocurra mas. No se si sirve una vez tenemos el bucle, pero quizá lo haga, y tampoco perdemos nada por probar.
METODO 3:
1· Iniciamos el PC normalmente, dejamos que ocurra el bucle una vez. (Es decir, Inicias, pide reiniciar, lo dejas, y a la siguiente haces esto, o, si reinicia directamente, sigue también los pasos directamente).
Esto lo hacemos para que el Visor de sucesos nos muestre cual es, en concreto, la actualización con fallo.
La siguiente vez en iniciar el PC, vamos a hacerlo en modo prueba de errores.
El botón puede variar de unas placas base a otras. Se pulsa justo después de la pantalla que muestra la marca de nuestra placa base, o, durante todo el rato si no nos la muestra (Esto suele funcionar 100% seguro)
En mi PC, es pulsando F10 repetidas veces, luego Esc, y F8 sobre Windows Vista, de tal modo que se accede a las opciones de Análisis de Errores de Vista, como son “Modo de errores”, “Modo de errores con símbolo del sistema”… Elegimos “Ultima configuración buena conocida”
En ocasiones, el propio PC puede mostrar dicha opción al detectar tal error.

Aquí, ya te has cabreao. Ganas de machacar cabezas.
2· Hecho esto, procedemos a restaurar el PC a un día antes de la descarga de la actualización (Los documentos no son borrados) y se podrá iniciar el PC normalmente.
3· Ahora, necesitamos todos los permisos de Vista, ya que vamos a manipular el sistema desde dentro, y, por defecto, el sistema retira tales permisos.
Bien, hecho todo esto, y con los permisos completos, nos metemos en nuestro disco principal desde Mi PC (Por defecto, C:) y recorremos las carpetas Windows -> SoftwareDistribution -> Donwload.
4· En esta, veremos que hay carpetas con nombres aleatorios. IMPORTANTE. Coge cualquier almacenamiento exterior, USB, Tarjeta SD, MP3, Disco duro, lo que sea, y COPIA esos archivos.
Evita a toda costa que compartan la estancia con el sistema.
Si esto fallase, restaurarlos sería el único modo de devolver Windows a la vida. Es improbable que falle, pero mejor prevenir, no?
5· Hecho esto, borramos todos los archivos de dicha carpeta.
Esto va a causar varias cosas:
1- Desaparece el error.
2- Desaparece Windows Update
3- Se pierde el historial de actualizaciones efectuadas (Que no es mas que eso, historial)
4- Las actualizaciones ocultas (Ocultadas de modo intencionado por el usuario) vuelven a mostrarse.
Todo esto tiene solución, claro.

Esto si es deporte de riesgo
6· Vamos a Windows Update y nos dice que No está instalado, o pide actualizarse o descargarse. Procedemos a efectuar lo que pida.
En caso de que haya que descargarlo de nuevo, creo que ofrece un botón para ello, si no, en la Web Oficial de Microsoft está la descarga.
Instalamos, e iniciamos las actualizaciones en Inicio -> Panel de Control -> Sección Seguridad > buscar actualizaciones, en caso de que no lo haga automáticamente.
Procederá a actualizar (Procurad no tener P2P y descargas durante este momento) y nuestro problema está solucionado.
Mantendremos los archivos que copiamos una semana al menos, por si surgieran mas errores (Esto es MUY improbable que ocurra, pero mejor prevenir que curar )
(En caso de que no funcionase, o de haber mas errores, vamos a usar de nuevo el Modo a prueba de errores, y elegimos “Ultima configuración buena conocida” y miramos, si los archivos en Windows > SoftwareDistribution > Donwload se han restaurado automáticamente o no. en caso negativo, copiamos y pegamos de nuevo a la carpeta de origen.
Abrimos Panel de Control, y en el cajetín de Búsqueda escribimos “visor de eventos“, y clickamos en “Ver los Registros de Eventos“.
Ahí podemos navegar a ver cual es el error, y que actualización lo causa, para borrar únicamente la problemática.)
Y esto es todo 
Recordad que siempre que el sistema actualice, debemos dejarlo a su aire, durante la descarga y la actualización en si, y, posiblemente (no siempre) evitaremos estos problemas. (O hacemos lo de este hombre)
Fuente: http://djinnsade.blogspot.com/2009/03/solucionar-bucle-de-actualizaciones-de.html
Solución Alternativa 2: MSDOS
Sólo recomiendo utilizar esta en caso de que no haya manera por ninguna de las anteriores.
Camino simple:
Iniciamos el PC en modo prueba de errores (F8, según placa base), pero sin arrancar el sistema, es decir, sin seleccionar “Iniciar en modo prueba de errores”.
Elegimos “Opciones de recuperación del sistema” y después “Símbolo del sistema“, y pasamos a las instrucciones.
Camino un poco mas complejo:
Si no hay mas remedio, iniciamos el PC, y cuando esté en la pantalla de carga, la de la barrita verde, mantenemos el botón de encendido de la CPU pulsada, con lo cual, se apaga el PC.
Con esto conseguimos que Windows “cierre de forma inesperada” como diría él, y, al iniciar el PC, aparecen varias opciones, entre ellas “Reparar inicio de Windows” o “Windows Startup Repair“. Seleccionamos la que nos salga, y cancelamos el análisis que va a hacer de los datos del disco (No sirve para nada).
Una vez hemos saltado este paso, aparece la opción “Mostrar opciones para reparación avanzada“, una vez ahí y tras entrar como Administrador (importante esto, por los permisos, nos sirve nuestro usuario también si los tiene), damos con la ventanita de MSDOS, y pasamos a Instrucciones.
Instrucciones:
Escribimos en dicha pantalla “cd C:/Windows/winsxs” Donde “C:/” es la letra del disco duro que contenga el sistema operativo.
Una vez ahí, hay dos opciones:
Escribir “ren pending.xml pending2.xml” con cual, renombra el archivo a “Pending2.xml”, y debemos borrar dicho archivo luego si esto funciona…
O escribir: “rm pending.xml” y con esto borra el archivo directamente, qu vuelve a ser generado.
Luego, escribimos “exit“, y reiniciamos.

No quiero verte mas hasta el SP2, hermoso
¿Sigue saliendo?
Una vez reiniciado el equipo tras estos cambios, no debería salir mas.
Si aún sale, repetimos el proceso, pero al reiniciar, entramos en Modo Seguro y vamos a la carpeta “C:/Windows/SoftwareDistribution/Download” y borramos los archivos que contenga. Tal y como la otra solución, quizá tengamos que reinstalar Windows Update en este caso, pero nada mas.
Si no podemos acceder a Modo Seguro sin que vuelva a salir el bucle, podemos usar el MSDOS del mismo modo que expliqué en Instrucciones, pero escribiendo “cd C:/Windows/SoftwareDistribution” y despues “rm Download“
Parche o… método 3?
Por último, si actualizamos Vista después, debería incluir este parche para que no ocurra mas. No se si sirve una vez tenemos el bucle, pero quizá lo haga, y tampoco perdemos nada por probar.
Por ultimo, dar las gracias a Iñigo, que me apuntó el tip del “pending.xml”, y si os funciona, ya sabéis a quién se lo tenéis que agradecer